Metodologi pembelajaran yang digunakan di pesantren umumnya menggunakan metode sebagai berikut:
a). Metode Sorogan
Sorogan berasal dari kata (bahasa jawa) yang berarti menyodorkan, sebab setiap santri menyodorkan kitabnya di hadapan kyai atau pembantunya.Sistem sorogan ini termasuk belajar secara individu, dimana seorang santri berhadapan denga seorang kyai, dan terjadi interaksi saling mengenal diantara keduanya.
Metode pembelajaran ini termasuk metode pembelajaran yang sangat bermakna, karena santri akan merasakan hubungan yang khusus ketikaberlangsung kegiatan pembacaan kitab di hadapan kyai. Mereka tidak saja senantiasa dapat dibimbing dan diarahkan cara membacanya,tetapi dapat dievaluasi perkembangan kemampuannya.
b). Metode Wetonan/Bandongan
Wetonan, istilah weton ini berasal dari kata wektu (bahasa jawa) yang berarti waktu, sebab pengajian tersebut diberikan pada waktu-waktu tertentu, yaitu sebelum atau sesudah melakukan shalat fardhu. Metode weiton ini merupakan metode kuliah, dimana para santri mengikuti pelajaran dengan duduk di sekeliling kyai yang menerangkan pelajaran secara kuliah, santri menyimak kitab masing-masing dan membuat catatan padanya. Istilah wetonan ini di Jawa Barat disebut dengan bandongan.
Metode bandongan dilakukan oleh seorang kyai atau ustadz terhadap sekelompok santri untuk mendengarkan atau menyimak apa yang dibacakan oleh kyai dari sebuah kitab. Kyai membaca, menerjemahkan menerangkan danseringkali mengulas teks-teks kitab berbahasa Arab tanpa harakat (gundul).Santri dengan memegang kitab yang sama, masing-masing melakukan pendhabitan harakat kata langsung di bawah kata yang dimaksud agar dapat membantu memahami teks.
Mengevaluasi kegiatan pembelajaran yang menggunakan metode bandongan dilakukan dengan seorang kyai melalui dua macam tes.Pertama, pada setiap tatap muka atau pada tahap muka tertentu.Kedua,pada saat telah dikhatamkannya pengkajian terhadap suatu kitab tertentu.
c). Metode Musyawarah/Bahtsul Masa’il
Metode musyawarah atau dalam istilah lain bahtsul masa’il merupakan metode pembelajaran yang lebih mirip dengan metode diskusi.19Beberapa orang santri dengan jumlah tertentu membentuk halaqah yang dipimpin langsung oleh kyai atau ustadz, atau juga dengansantri senior, untuk membahas atau mengkaji suatu persoalan yang telah ditentukan sebelumnya. Dalam pelaksanaannya, para santri dengan bebas mengajukan pertanyaan-pertanyaan atau pendapatnya.
Dengan demikian metode ini lebih menitik beratkan pada kemampuan perseorangan di dalam menganalisis dan memecahkan suatu persoalan dengan argumen logika yang mengacu pada kitab-kitab tertentu.
Langkah persiapan terpenting pada metode ini adalah terlebih dahulu memberikan topik-topikmateri yang akan dimusyawarahkanTopik yang menarikumumnya mendapat respon yang baik dan memberikan dorongan kuat kepada para santri untuk belajar.
d). Metode Pengajian Pasaran
Metode pengajian pasaran adalah kegiatan belajar para santri melalui pengkajian materi (kitab) tertentu pada seorang kyai/ustadz yang dilakukan oleh sekelompok santri dalam kegiatan yang terus menerus selama tenggang waktu tertentu.20Pada umumnya dilakukan pada bulan Ramadhan selama setengah bulan, dua puluh hari, atau terkadang satu bulan penuh, tergantung pada besarnya kitab yang dikaji.Metode ini lebih mirip dengan metode bandongan, tetapi pada metode ini target utamanya adalah selesainya kitab yang dipelajari.
Dalam perspektif lebih luas, pengajian pasaran ini dapat dimaknai sebagai proses pembentukan jaringan kitab-kitab tertentu diantara pesantren-pesantren yang ada.
e). Metode Hafalan (muhafazhah)
Metode hafalan adalah kegiatanbelajar santri dengan caramenghafal suatu teks tertentu di bawah bimbingan dan pengawasan kyai/ustadz. Para santri diberi tugas untuk menghafal bacaan-bacaan dalam rangka jangka waktu tertentu.Hafalan yang dimiliki santri ini kemudian dihafalkan di hadapan kyai/ustadz secara periodik atau insidental, tergantung kepada petunjuk kyai/ustadz yang bersangkutan.
Materi pembelajaran dengan metode hafalan umumnya berkenaan dengan Al-Qur’an, nazham-nazham untuk nahwu, sharaf, tajwid, ataupun teks-teks nahwu sharaf dan fiqh.
Dalam pembelajarannya, metode ini seorang santri ditugasi oleh kyai/ustadz untuk menghafalkan satu bagian tertentu atau keseluruhan dari suatu kitab.
f). Metode Demonstrasi (praktek ibadah)
Metode ini adalah cara pembelajaran yang dilakukan dengan memperagakan (mendemonstrasikan) suatu keterampilan dalam hal pelaksanaan ibadah tertentu yang dilakukan secara perorangan maupun kelompok di bawah petunjuk bimbingan kyai/ustadz.
Direktorat Jenderal Kelembagaan Agama Islam, Pondok Pesantren dan Madrasah DiniyahPertumbuhan dan Perkembangan, Jakarta:Departemen Agama RI, 2003.